İçmesuyunun mikrobiyal kalitesi, güvenilirliğindeki başlıca göstergelerden biridir. İçmesuyunun bakteriyolojik tetkiki tüketilen suyun kirlenmiş olup olmadığının belirlenmesi için yapılır. Mikrobiyal parametreler; havza araştırması, su kaynağı karakterizasyonu, arıtma verimi ve dağıtım sisteminin tetkiki gibi içmesuyu temin süreçlerinde faydalı bilgiler verebilir.
Koliform organizmaları, doğal su kaynağının biyolojik özelliklerini belirlemede kullanılır. İndikatör organizma olarak genellikle Escherichia coli (E. Coli) kullanılır. Bu organizma insanlar da dahil tüm sıcak kanlı hayvanların bağırsağında bulunur. Bu nedenle, su örneklerinde Escherichia colinin bulunması, dışkının ve dolayısıyla, muhtemelen insan kaynaklı patojen organizmaların mevcudiyetini gösterir.
Fekal (dışkı kaynaklı) kirlilik bulaşıcı mikroorganizmaların başlıca kaynağıdır. Bu mikroorganizmalar insanların ve diğer sıcakkanlı hayvanların bağırsağında doğal olarak oluşan bakteriler, virüsler ve parazitlerdir. Su kaynaklı hastalıklara sebep olanmikroorganizmaların içmesuyunda bulunması sindirim yolu hastalıklarına veya diyareye ve hatta ölüme bile sebep olabilir. Koliform (toplam), Giardia lamblia, Heterotrofik Plak Sayısı, Legionella, Pseudomonas sp., Pirojenler, Bulanıklık ve Virüsler EPA standartlarının mikrobiyolojik kirlilik parametreleridir.
Arıtılmış olsa bile içmesuyunda, borulardaki biyofilmlerde ve dağıtım sisteminde bakteriler (Campylobacter jejuni/C. Coli, Esherichia coli, Vibrio cholerae, Salmonella typhi, Shigella, Legionella spp., tüberküloz yapmayan Mycobacterium spp., Franciscella tularensis, vs.), virüsler (Norovirusler, Rotavirusler, Enterovirusler, Adenovirusler, Hepatit A, Hepatit E, Sappovirusler, vs.), parazitler ((Cryptosporidium hominis/parvum, Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis, Cyclosposa cayetanensis, Acanthamoeba, Naegleria fowleri, bazı omurgasızlar, su maytları, kladoseranlar and kopepodlar, vs.) ve ipliksi mantar ve mayalar (Aspergillus flavus, Stachybotrys chartarum, Psaudellescheria boydi, Mucor, Sporothrix, Cryptococcus, vs.) bulunabilir. Bir su dağıtım sisteminde fekal kirlilik, kırık borular ve depolardaki açıklıklar veya çatlaklar yoluyla bulaşır. Ayrıca, kanalizasyon hattına yakın inşaat işleri, yeni boru döşeme ve bakım çalışmaları da dağıtım sistemine kirlilik karışmasına neden olabilir.
Fekal patojenlerin mevcudiyeti gösterge (indikatör) bakterilerin izlenmesi ile değerlendirilir. WHO İçmesuyu Kalitesi Kılavuzu (WHO, 2011) E. coliyi gösterge bakteri olarak gösterir ama ısıya dayanıklı koliformlar (E. coli, Citrobacter, Klebsiella and Enterobacter) da alternatif gösterge olarak kullanılabilir.
Toplam koliform kirlilik için kesin gösterge grup olmasa da suda ve toprakta doğal yollarla oluşabildikleri için dağıtım sisteminin temizliğinin değerlendirilmesinde kullanılabilirler. Koliformlar borulardaki ve bağlantı parçalarındaki biyofilm katmanlarından veya kırılmalar veya bakım çalışmaları sırasında toprakla temas etmesinden dolayı ortaya çıkabilmektedir. Bazen benzer amaçlarla heterotrofik plak sayım bakterileri deneyleri kullanılır. Toplam koliform sayısı ve heterotrofik plak sayısı (toplam veya standart plak sayısı olarak da bilinir) bakterileri içmesuyu temin sisteminde, dezenfektan verimindeki azalma, içmesuyuna kirliliğin karışması veya patojenlerin varlığına sebep olan biyofilmlerin oluşması gibi sorunlara yönelik sistem performans indikatörü olarak kullanılır. Koliform tespit edildiğinde su arıtma tesisinde dezenfektan dozunun artırılması, servis depolarının veya sifonların işletme kontrolünün yapılması ve etkilenen alanda yeniden klorlama yapılması gibi düzeltici işlemler yapılmalıdır.
Standart plak sayısı /HPC organizmaları su arıtma ve dezenfeksiyon prosesinin veya sistemde ürerse su dağıtım sisteminin verimini izlemede kullanılır.
Toplam koliform bakteri (toplam koliform) içmesuyunun kalitesinin değerlendirilmesinde kullanılır.
Fekal kolifom bakteri (fekal koliform) atıksu arıtma çıkış suyunun, nehir suyunun, denize girilen yerlerdeki deniz suyunun, içmesuyu temininde kullanılan su kaynaklarının ve rekreasyonel amaçlı kullanılan suyun kalitesini değerlendirmede kullanılır.
Fekal steptokok (enterococci) arıtma prosesini ve rekreasyonel amaçlı kullanılan suyun değerlendirilmesi için kullanılır.
Klostridya (varsayımsal Klostridium perfringenler) uzaktaki fekal kirliliği gösterir ve arıtma ve dezenfeksiyon prosesinin verimini değerlendirmede kullanılır.
Kolifajlar içmesuyu değerlendirmesinde enteric (bağırsak kaynaklı) virüslerin göstergesi olarak kullanılır.
Bakteriler, virüsler ve protozoon parazitleri gibi mikrobiyal patojenler koagülasyon / flokülasyon, durultucu ve filtrasyon gibi arıtma ünitelerinde diğer partiküllerle birlikte fiziksel olarak ruzaklaştırılabilie veya dezenfeksiyon ile kimyasal yollarla yok edilebilir. Fiziksel uzaklaştırma proseslerinin sudan bütün mikroorganizmaları uzaklaştırmaması sebebiyle suyun mikrobiyal kalitesini sağlamak için dezenfeksiyonun önemi büyüktür. Suyun mikrobiyal kalitesinin kontrolü için, dağıtım sisteminde bulunan suyun içinde dezenfektan kalıntısı olması gereklidir. Bu kalıntı arıtmadan çıkan suda yeniden bakteri oluşumunu önlemeye yardımcı olur ve su borularının içinde biyofilm oluşumunu sınırlar.