Dezenfektanlar etkin bir patojen mikroorganizmaları (bakteri, virüs, ve parazitler) öldürebilir. Bazı mikroorganizmalar dirençli olabilir. E. coli bakteri, diğer bakterilere göre daha kuvvetlidirler, bu nedenle dezenfektanlara daha dayanıklıdırlar. Ama E.coliden daha dirençli virüsler vardır ama bunların yokluğunda su temiz demek değildir yine de. Cryptosporidium ve Giardia gibi protozoon parazitler klora karşı çok dayanıklıdır.
Belirli bir dezenfektan Dezenfeksiyon etkinliği üzerindeki etkisi de mikroorganizma yaşına bağlıdır. Genç mikrobiyalda nüfus dezenfektan öldürülmesi etkisi daha savunmasızdır. Eski toplumlarda, onların hücre duvarı üzerinde polisakkarit kabuk gibi farklı rezerv metabolitleri, dezenfektanlara karşı onları daha dirençli hale getirir. 2.0 mg / L klor kullanıldığında, gerekli temas süresi 30 dakika 10 günlük bakterilerin devre dışı bırakmak içindir. Aynı türün ve 1 gün yaşındaki bakteriler için, temas süresi 1 dakika yeterlidir. Bakteri sporları, çok dirençli olabilir. Çoğu dezenfektanlar bakteri sporlarına karşı etkili değildir.
Arıtma gerektiren su doğası gereği dezenfeksiyon üzerindeki etkisi vardır. Suda maddeler, örneğin demir, manganez, hidrojen sülfit ve nitratlar, genellikle dezenfeksiyondan rahatsız olan dezenfektan ile reaksiyona girmektedirler. Suyun bulanıklığı da dezenfeksiyonun etkisini azaltır. Mikroorganizmalar bulanıklık ile dezenfeksiyona karşı korunmaktadır.
Sıcaklık ta dezenfeksiyonun etkisini etkiler. Artan sıcaklık genellikle dezenfeksiyon reaksiyonlarının hızını artırır. Dezenfektan yıkılır ya da uçucu hale gelir. Ancak, sıcaklık arttıkça da, dezenfeksiyonu azaltabilir.