Kimyasal inaktivasyonu yoluyla doğal veya işlenmemiş su içinde mikrobiyolojik kirlenme inaktivasyonu, içme suyu patojenik mikroflora azaltılması için yapılan son aşamalarından biridir. Su arıtma adımları (oksidasyon, koagülasyon, çökmesi, dezenfeksiyon ve filtrasyon) kombinasyonlarının üretiminden sonra (içme) suyu güvenli hale gelir. Mikrobiyolojik kirlenmeden suyu korumak amacıyla, saflaştırma sürecinin sonunda, çok ülkede ekstra bir önlem de geçerlidir. Bu su dağıtım sisteminde mikrobiyolojik kirlenmeden suyu korumak için, ikinci bir dezenfeksiyon adımıdır. Bu ikincil dezenfeksiyon işlemi sırasında, genellikle kullanılan dezenfektan türü, sürecin erken bir aşamasında kullanılandan farklıdır. Bu tür mikroorganizmalar sistemde dağıtım sırasında suda çoğalmamayı garanti eder. İlk dezenfeksiyon aşamasından sonra suda kalabilir ya da sıhhi tesisat çatlakları nedeniyle yeraltı suyu mikroorganizmaları içerebilen, kirlenmiş suyu, geri yıkama esnasında suyun içinde sona erdirebilir.
Dezenfeksiyonun yaygın nedeni mikrobiyal hücre duvarı, ya da (çünkü enzimler bir yapısal değişimdedirler) hücre geçirgenliği, protoplazmanın veya enzim aktivitesindeki değişiklikler nedeniyle bozulma etkisi gerçekleşir. Hücre aktivitesi nedeni, mikroorganizamların azaltılması veya yayılmasını durdurma ve sistemden kaldırılmasıdır. Oksitleyici dezenfektanlar da suyun içerisindeki organic maddeleri yok ederler, besin eksikliği yaratırlar.
Birçok değişik türde dezekfektan vardır, kimi patojenik mikroorganizmaları öldürür kimi de aktifliğini devre dışı bırakır. Dezenfektan örnekleri arasında, klor ihtiva eden maddeler, peroksit, brom, gümüş-bakır, ozon, UV bulunmaktadır. Tüm dezenfektanların avantajları ve dezavantajları vardır ve koşullara bağlı olarak su dezenfeksiyonu için kullanılabilir.
Dezenfeksiyon İçme suyunun yanı sıra, yüzme havuzları ve soğutma kulelerinde uygulanabilir. Su dezenfeksiyonu bu uygulamalar için çok önemli bir faktördür.
Yüzme havuzları, yüzücülerden kaynaklanan kirlenmelerde büyük bir çeşitlilik içerir. Kirlenme diğer şeyler arasında mikroorganizmaları da içerir.
Patojenik mikroorganizmalar tarafından enfekte olan yüzücüleri önlemek için, yüzme suyu dezenfekte edilmelidir. Havuz suyu sık sık sirküle edilmelidir. Su yüzme havuzuna döndürülmeden önce arındırılmalıdır. Saflaştırma dezenfeksiyonu içerir.
Soğutma kuleleri proses suyunu soğutmak için kullanılır. Bundan sonra, su yeniden kullanılabilir. Soğutma kuleleri içinde koşullar büyüme ve mikroorganizmaların çoğalması için idealdir. Bu korozyon ve bloklar sistemi teşvik eder, çünkü biyofilm gelişimi, soğutma kuleleri önemli bir sorundur.
Havalandırma sistemlerinde olduğu gibi, soğutma kulelerinde bir diğer sorun, Legionella bakterilerinin gelişmesidir. Bu bakteriler aerosoller yoluyla yayılır ve Lejyoner hastalığına neden olabilir – pnömoni gibi benzer bir çok ciddi hastalığa da neden olabilir. Birçok ülke artık soğutma kulelerinde Legionella bakterilerinin gelişimini soğutma suyu dezenfeksiyonu ile önlenebilir gerektiğini belirleyen yasal standartlarına sahiptir.
1970'lerin başında, kimyasal dezenfektanların, spesifik yan ürünleri oluşturabildikleri tespit edilmiştir. Bu keşfedildiği zaman, araştırmalar bu yan ürünlerin sağlık etkileri üzerine yoğunlaşmıştır. Bugün, yan ürünlerde, içme suyunda dezenfeksiyon maksimum seviyelerini gösteren yasal standartlar vardır. İçme suyundaki dezenfeksiyon yan konsantrasyonunu düşürmek için yöntemler de araştırılmıştır.