Het grootste deel van pathogene micro-organismen in drinkwater wordt verwijderd door middel van waterbehandeling technieken, zoals coagulatie, flocculatie, bezinking en filtratie. Om drinkwater veiligheid te vergroten, wordt desinfectie toegepast als een laatste behandeling stap.
Desinfectie van onbetwistbaar belang bij de levering van veilig water om te drinken. Het desinfecteren van water betekent het verwijderen, deactiveren of doden van pathogene micro-organismen. Daarbij micro-organismen worden vernietigd of gedeactiveerd, waardoor beëindiging van de groei en reproductie. Wanneer micro-organismen niet van het drinken van water worden verwijderd, zal het gebruik ervan ziekte veroorzaken bij de mens. Desinfectie is een proces met betrekking tot sterilisatie en tijdens dit proces alle aanwezige micro-organismen worden gedood, zowel schadelijk en onschadelijk. Het kan worden uitgevoerd door middel van fysische of chemische desinfectiemiddelen. Deze ontsmettingsmiddelen organische verontreinigingen te verwijderen ook uit het water, die als voedingsstoffen of schuilplaatsen voor micro-organismen. Ze moeten niet alleen micro-organismen te doden, maar moet ook een residueel effect, hetgeen betekent dat zij actief blijven in het water na desinfectie. Een ontsmettingsmiddel moet voorkomen dat pathogene micro-organismen groeien in de leidingen na desinfectie, waardoor het water te worden ontsmet (Purcell, 2003).
Voor de chemische desinfectie van water, kan de volgende ontsmettingsmiddelen worden gebruikt:
Voor fysieke desinfectie van water de volgende ontsmettingsmiddelen kunnen worden gebruikt: