Desinfecterende middelen kan effectief doden ziekteverwekkende micro-organismen (bacteriën, virussen en parasieten). Sommige micro-organismen kunnen resistent. E. coli bacteriën zijn resistenter dan andere bacteriën en daarom worden ze gebruikt als indicator organismen. Maar verschillende virussen zijn zelfs sterker dan E. coli, die afwezigheid niet betekent dat het water veilig is. Protozoa parasieten zoals Cryptosporidium en Giardia zijn zeer resistent tegen chloor.
Het effect van de ontsmetting activiteit van een desinfectiemiddel ook afhankelijk van de leeftijd van het micro-organisme. De jonge microbiële populatie is kwetsbaarder voor de dodende werking van het desinfectiemiddel. In oudere bevolking, verschillende reserve metabolieten zoals polysaccharide shell over hun celwand, maakt ze beter bestand tegen desinfectiemiddelen. Bij 2,0 mg / l chloor wordt gebruikt, de vereiste contacttijd bacteriën die 10 dagen is 30 minuten deactiveren. Bacteriën van dezelfde soort en de leeftijd van 1 dag, 1 minuut contacttijd voldoende. Bacteriële sporen kunnen zeer resistent. De meeste desinfecterende middelen zijn niet effectief tegen bacteriële sporen.
De aard van het te behandelen water heeft een invloed op de desinfectie. Materialen in het water, bijvoorbeeld ijzer, mangaan, waterstofsulfide en nitraten, vaak reageren met ontsmettingsmiddelen, die ontsmetting verstoort. Troebelheid van het water vermindert ook de effectiviteit van desinfectie. Micro-organismen worden beschermd tegen desinfectie troebelheid.
De temperatuur beïnvloedt ook de effectiviteit van desinfectie. Toenemende temperatuur verhoogt meestal de snelheid van de reacties van desinfectie. Echter, het verhogen van de temperatuur kan ook desinfectie afnemen, omdat het ontsmettingsmiddel uit elkaar valt of wordt vervluchtigd.
